En 1960, la Constitution nouvelle qu’a fait adopter Antonín Novotný* aggrave encore l’impuissance des organes slovaques, qui n’existent plus que sur le papier. Après 1963, les Slovaques entreprennent la lutte contre Novotný. Clementis et les autres condamnés étaient profondément populaires, et les Slovaques voient dans leur condamnation une forme d’oppression nationale. Dès le début de 1963, écrivains et historiens critiquent la déformation du passé. À Prague, une commission spécialement constituée par le parti, la Commission des Barnabites, réclame la réhabilitation des « nationalistes bourgeois ». En avril 1963, Novotný doit accepter le remplacement du premier secrétaire du parti slovaque, Karol Bacílek, par Alexander Dubček*. Toutefois, en juin 1963, dans un discours prononcé à Košice, Novotný réaffirme la justesse des condamnations prononcées pour le nationalisme bourgeois. Mais, le 21 septembre 1963, il doit se séparer de son Premier ministre, Široký, détesté par les Slovaques, et le remplacer par Jozef Lenárt (né en 1923), qui est le président du Conseil national slovaque. En août 1964, le vingtième anniversaire de l’insurrection slovaque est marqué par des cérémonies officielles et par le rétablissement de la vérité historique.

Le mécontentement des Slovaques n’est pas seulement politique ; le déséquilibre économique subsiste. L’économie slovaque a fait des progrès — en 1965, elle présente 20,7 p. 100 du total de l’économie tchécoslovaque (contre 13 p. 100 en 1948) —, mais les revenus slovaques de 1968 sont l’équivalent du revenu tchécoslovaque en 1958. Des critiques s’élèvent contre la gestion trop centralisée de l’économie.