Le triomphe du parti communiste tchécoslovaque en 1948 entraîne un déclin rapide des institutions slovaques. Klement Gottwald* introduit dans le pays un modèle stalinien centralisé. La Constitution de mai 1948 enlève aux organismes slovaques tout pouvoir réel, ne leur laissant plus qu’un vague droit de contrôle sur les affaires scolaires et l’organisation de la santé. Les commissaires slovaques sont désormais nommés et remplacés par le gouvernement de Prague. Le 26 juillet 1948, le parti communiste slovaque perd toute autonomie.

Gottwald est très méfiant envers les Slovaques. Il accorde une pleine confiance à Viliam Široký (1902-1971), qui, dès septembre 1948, critique le « nationalisme bourgeois » slovaque. Il est hostile aux communistes slovaques qui ont émigré à Londres pendant la guerre, comme démentis, ou aux hommes de la résistance intérieure, comme Gustáv Husák (né en 1913). Dès mars 1950, des attaques sont lancées contre Clementis, qui est ministre des Affaires étrangères ; en avril 1950, la liste des « nationalistes bourgeois slovaques » est prête. Le IX^e Congrès du parti communiste slovaque les exclut de leurs fonctions en mai 1950.

Clementis est condamné à mort avec Slánský et tous deux sont exécutés en 1952. En avril 1954, c’est la condamnation des « nationalistes bourgeois » : Husák est condamné à la prison à vie, Novomeský à seize années. Tout le passé de la Slovaquie est condamné avec eux. Le mouvement communiste Dav de l’entre-deux-guerres, l’insurrection slovaque de 1944 ne peuvent être que trahisons puisque leurs chefs étaient des traîtres.